Krompir dobro podnosi skladištenje, i to na duži period, ali pod jednim uslovom: da nije učinjen nijedan tehnološki propust prilikom vađenja (oštećenja i sl.), jer će se to negativno odraziti na kvalitet i dužinu čuvanja krompira. Najpovoljnije uslove za čuvanje merkantilnog krompira obezbeđuju savremene hladnjače, naravno, u kojima se temperatura, vlažnost vazduha i ostali parametri automatski regulišu. Dobro prosušene krtole, bez primesa vlažne zemlje, oštećenja (od zemljišnih štetočina, vađenja, transporta), s čvrstom pokožicom i visokim sadržajem suve materije (23–25%) uspešno mogu da se čuvaju u ovakvim skladištima narednih 6–8 meseci, a krompir iz skladišta izlazi isti kao što je i ušao, s minimalnim gubitkom (kalom) od 5–10 odsto.
Međutim, takva postrojenja su prilično skupa, i taj vid čuvanja krompira rezervisan je isključivo za industrijske proizvođače. Individualni proizvođači se odlučuju za znatno jednostavnija rešenja, kao što su podrumi ili trapovi. Krtole krompira namenjene ishrani se, dobro prosušene, sakupljaju odmah nakon vađenja da ne bi duže bile izložene dejstvu sunčevih zraka. U protivnom, dolazi do promene boje usled biosinteze i nakupljanja hlorofila. Pojava zelene boje je jasan pokazatelj da se u krtolama nalazi povišen sadržaj alkaloida solanina.
U ishrani u domaćinstvu ili za preradu u prehrambenoj industriji ne mogu da se koriste krtole koje su usled direktnog sunčevog zračenja promenile boju u zelenu, kao ni krtole krompira koje sadrže više od 20 mg solanina. Pri takvim količinama ova materija smatra se štetnom za organizam, pa takav krompir nema nikakvu upotrebnu vrednost (osim za ishranu stoke). Da krompir ne bi bio izložen dejstvu direktnog sunčevog zračenja, nakon vađenja, treba ga preneti pod nadstrešnice, šupe, senjake, da bi se vazdušno prosušio u narednih nekoliko dana (najčešće 10-20 dana), a nakon toga se smešta u podrume ili trapove.
Trapljenje krompira je svakako najjednostavniji način čuvanja, s tim što su za tu namenu znatno pogodniji nadzemni trapovi od onih koji su ukopani u zemlju. U ukopanim trapovima razvijaju se relativno visoke temperature, a i ventilacija je otežana, pa je veća i mogućnost kvarenja krtola. Za čuvanje krompira u domaćinstvima najpogodniji su podrumi, a u prednosti su podrumi delimično ukopani u zemlju i oni čija vrata i prozori nisu okrenuti ka jugu. Krompir se za potrošnju najčešće skladišti u rasutom stanju, mada je zgodnije čuvati ga u gajbama, ili, ako to predstavlja trošak, napraviti boks od dasaka. Obavezno je da bude prekriven kako bi se sprečila izloženost sunčevoj svetlosti.